पाकिस्तानी विदेश मंत्रालय के प्रवक्ता शफ़ाक़त अली ख़ान ने आरोप लगाया था कि पाकिस्तान में होने वाले आतंकी हमलों में भारत का हाथ होता है. इसके साथ ही उन्होंने अफ़ग़ानिस्तान स्थित कुछ ताक़तों के भी शामिल होने का आरोप लगाया था. शफ़ाक़त अली ख़ान ने कहा था,

”ख़ासकर जाफ़र एक्सप्रेस में आतंकवादी अफ़ग़ानिस्तान में अपने गुट के नेताओं के संपर्क में थे.’ पाकिस्तान के इन आरोपों का अब भारत ने जवाब दिया है